Wenn du java ordentlich installiert hast, reicht ein doppelklick auf die jar datei. Alternativ machste in der komandozeile:
javaw -jar fenster.jar oder
javaw -cp fenster.jar fenster.Main
Das kannste in ne Bat schreiben, oder wenn du alternativ nativen code haben willst, also in form einer *.exe zum beispiel, kannst du einen nativen compiler namen, wie JET (komerziell) oder die GNU alternative.